Необходимым компонентом селекционной работы с любой породой или группой животных является мониторинг генетической ситуации, позволяющий определить эффект селекции, контролировать направленность происходящих изменений и ссвоевременно принимать меры по устранению различных негативных тенденций.Для анализа микроэволюционных процессов , происходящих в породах и стадах , используют различные генетические маркеры.К ним, в первую очередь, относятся группы крови животных.

  В племенной работе с холмогорским скотом такие маркеры используют в течение длительного времени.Каждый производитель, поступающий на племпредприятие , проходит генетический контроль.  Это позволяет существенно улучшить положение с племенным учетом и дает возможность осуществить целый ряд теоритических разработок.

 Систематическе исследования групп крови животных одновременно позволили получить подробную картину динамики генетических процессов в породе и в отдельных хозяйствах, данные об изменениях в структуре генофонда породы и других объективных генетических параметрах. Сопостановление их с динамикой различных фенотипических проявлений помогло определить роль отдельных генетических факторов в характере изменения ряда хозяйственно- полезных признаков животных и использовать выявление закономерности для повышения эффективности селекционной породы.

  Проводимые исследования показывабт ,что во всех стадах основной удельный вес имеют животные с одним и теми же  13-15 аллелями групп крови  В-системы. Эти аллели являются "генетическим паспортом" породы. Такае положение остается стабильным уже в течении многих лет и свидетельствует о целостности и генетической устойчивости холмогорской породы.

 Вместе с тем , происходят и существенные генетические изменения.Если в 1980 году было выявлено около 30 различных аллелей В-локуса, то в настоящее время почти вдвое меньше. В результате использования голштинской породы в качестве улучшающей аллелофонд  холмогорской породы поплнился некоторыми новыми аллелями , такими ,как G₁Y₂D ;Y₂A₂.

  Одновременнно с сокращением общего числа аллелей  в стадах и породев целом неуклонно увеличивается показатель степени гомозиготности : в среднем за 30 лет с 6-7% да 10-11%.Такой рост не наблюдается ни в одной отечественной породе крупного рогатого скота. Для нейтрализациии этих процессов необходимо переходить на более совершенные методы отбора и потбора производителей , учитывающие интерьерные особенности каждого из них.

  В начале 70-х годов быки-производители были носителями 35 аллельных вариантов В-локуса, в начале 80-х годов -25, в 1988-году- 20, в 1999году -16.. В маточных стадах в настоящее время насчитывается около 30 аллельных вариантов В-локуса. Быки в состоянии восполнить в стадах лишь 16 аллелей, а остальные в ближайшие годы скорее скорее всего обречены на исчезновение. Следует обратить внимание на увеличение частоты встречаемости негативного "в"- аллеля , что в общем нежелательно.

  Широта генетической изменчивости связана с показателями жизнеспособности животных.При оптимальных условиях кормления и содержания скота порода прерасно бы развилась и совершенствовалась и при таком уменьшении изменчивости. Однако условия среды в нашей стране далеки от оптимальных , поэтому сокращение широты генетической изменчивости в породе может крайне отрицательно сказаться на признаках жизнеспособности и плодовитости скота . Приметов ухудшения этих показателей достаточно много. Средний срок продуктивного использования коров холмогорской породы в 1997  году снизился по сравнению с 1990 годом на 0,08 отела.

  Наметилась отчетливая тенденция к перераспределению лидерства ряда аллелей груп крови.Существенно возросла концентрация одних и сократилась частота встречаемости других, ранее широко распространенных.

У быков сокращалась концентрация аллелей E'1G'G''  и D'E'2F2G'O', связанных со средней молочной продуктивностью на первых лактациях и высокой жизнеспособностью, и возросла частота встречаемости аллелей QE'2Q' и B1G2O1Y2  связанных с более высокой молочной продуктивностью по 1 лактации , но с низкой жизнеспособностью.В 90-х годах ситуация несколько изменилась: быков, несущих аллели ,связанные спониженной жизнеспособностью , стали использовать реже.  Отсюда частота встречаемости их снизилась. Неуклонно снижается концентрация редких аллелей B1I2Y2G'G'' , G2O2; аллель O1T1A'F'1E'3K'  у быков уже фактически не встречается.

 Процесс обеднения генофонда породы усуглубляется с каждым покалением животных.Выход из сложившейся ситуации мы видим в углубленном подходе к отбору и подбору производителей. Следует добиться положения , когда генофонд производителей сможет компенсировать элиминацию аллелей в маточных стадах , то есть быки должны служить постоянным источником пополнения маточных стад отсутствующими или находящимися на грани исчезновения аллелями. Для этого при подборе производителей помимо традиционных показателей нужно учитывать данные об аллелофонде по группам крови . Естественно ,что у самих производителей необходимо иметь более разнообразный аллелофонд , для чего следует пересмотреть состав группы крови , отобранных для производства быков.

  Модельные опыты показывают ,что повышать среднюю продуктивность животных можно путем улучшения баланса генотипа и среды, то есть насыщения стад генами , определяющими в данных условиях хоршую жизнеспосоность животных .При этом молочная продуктивность повыситься в результате удлинения сроков использования коров.