Порода выведена путем скрещивания местного скота Эстонии с голландским и остфризским. Улучшение местного скота голландским началось во второй половине прошлого столетия. Длительное разведение помесей "в себе” в сочетании с целенаправленным отбором и подбором животных по молочной продуктивности привело к созданию большой группы черно-пестрого скота с высокими удоями и относительно низкой жирностью молока. С 1885 года началась запись этого скота в племенную книгу, названного эстонским голландско-фризским. Для повышения жирномолочности с 1930 г. в стадах эстонского черно-пестрого скота использовались быки жирномолочных линий из Голландии. В 1951 г. эта группа скота была переименована в эстонскую черно-пеструю породу.

Животные характеризуются крупностью, компактным сложением, крепким костяком, легкой удлиненной головой, глубокой и широкой грудью. Средняя живая масса коров — 500 — 600 кг, быков — 900 — 1000 кг.

В 1989 году от 98380 черно-пестрых эстонских коров в среднем получили по 4405 кг молока жирностью 3,92% на голову, от коров, записанных в племенные книги — по 5300 кг молока с 4,03% жира, от коров лучших племхозов — по 6300 кг жирностью 3,90.

В породе имеются коровы, от которых за 305 дней лактации получили свыше 400 кг молочного жира. Они выращены в совхозах "Вяндра” Пярнуского района, в колхозе "Эстония” Пайдеского района и в совхозе "Пыдрангу” Раквереского района. От коровы Нелты 8 из совхоза "Вяндра” за 3-ю лактацию получено 14304 кг молока с 4,14% жира; от Колли 1265 за 4-ю — 13927 кг с 4,4% жира; от Атси 1802 — за 3-ю — 13580 кг с 4,39% жира; от Луны 1294 — за 4-ю — 12965 кг с 4,26%; от Стеллы 1302 — за 4-ю — 11838 кг с 4,65%. Пожизненный удой 847 коров из 69 хозяйств превышает 50 тыс. кг молока. Наивысший пожизненный удой имеет корова Мирвик 1462 из колхоза "Эстония”: за 13 лактации от нее надоено 106016 кг молока жирностью 3,91%. Корова Лайки 1114 за 15 лактации дала 91565 кг молока с 4,02% жира. Численность скота этой породы увеличивается: на начало 1990 г. она составила 271,5 тыс. голов. В последние годы порода улучшается голштинами. Удой голштинизированных коров превышает удой сверстниц в среднем на 570 кг молока при незначительном (на 0,02%) снижении его жирности.